纳米。通过珠子色彩的排列、组合，可以得到足够多种多样的变化。但是，相邻的两个珠子是不能同一种颜色的。这样设计，是为了便于后期软件对珠子的颜色进行识别（

  6.把Cartrige放到PrepStation光学扫描仪上。在Cartrige上通上电场。因为Report探针上的彩色珠子都是带电荷的，这些珠子就在电场的作用下倒向一边，并且被拉直。

  7.光学扫描仪对着玻璃板进行扫描，读取信息。一个Cartrige上有12个通道，也就是一次实验可以做12个样本。每个cartrige的价格在大约900美金。

  NanoString nCounter System还可以用做蛋白水平表达的研究，目前只能做30多种蛋白的表达水平测定，方法的原理是：

  1.把与蛋白一一对应的特异序列的单链DNA标签通过一段可以被光解的linker连接到相应的蛋白抗体上；

  5.利用nCounter的报告探针和捕获探针检测DNA标签的数目，即可得到相应蛋白的表达数量。利用高灵敏度的nCounter系统检测少量细胞甚至单细胞多达800种不同蛋白的表达水平，而这是免疫组化技术和免疫印迹技术所不能达到的。

  NanoString nCounter System也可以用来检测microRNA，方法的原理是用桥接的方法，利用一段设计好的，互补的RNA链，把目标microRNA链和另外一个设计好的标签RNA链，杂交在一起。再用RNA链接酶，把这两段RNA连成一根RNA链。连完之后，把多余的桥接RNA、标签RNA都去掉。再用NanoString的方法定量检测。

  另外药明康德也用NanoString做肺癌的融合基因检测（ALK、ROS1、RET、NTRK1），不过只是科研项目，并不用做临床诊断服务项目，市场收费一个样本在3~4千元。

  1.可适用于严重降解的RNA样本，如：FFPE样本。石蜡样本当中的RNA，往往是严重降解的，许多分子生物学实验都很难处理，但是NanoString可以很好地分析石蜡样本当中的RNA，最短可以检测到100bp RNA。

  2.不必抽提RNA，直接可以用FFPE样本的裂解液，或者细胞的裂解液来做实验（只需要100ng即可做出很好的实验结果）。

  3.实验全程中无酶参与反应，无需RT-PCR进行反转录，也无需PCR进行扩增，直接检测RNA的分子数量。

  7.NanoString另外提供element试剂盒，将应该分子条形码与探针分开，研究者可根据自己的需要灵活合成各种探针，用GPRs与探针杂交后与靶基因杂交，从而对靶基因进行分类和计数（Element方法的原理，就是把Report探针拆成2段。一段是和目标mRNA序列相结合，另外一段，是连到彩色的小珠子。同时，也把Capture探针分成2段，一段是连到生物素的，还有一段，是和目标mRNA相结合的。这样设计的效果，就是只要换中间普通探针的序列，就可以探测不同的目标mRNA了。而普通探针的价格，是远低于Report探针的）。

  1. NanoString仪器的国内代理商仅冷泉港一家，探针的设计和合成需在美国完成，我们只需提供rs号，探针合成周期大约在1~2个月，时间比较长，合成后需要保存在-70度空运回来，过安检很麻烦，个人觉得成本会很高。

  2.NanoString仪器的一个Cartrige上有12个通道，也就是一次实验可以做12个样本，每个cartrige的价格在大约900美金。

  3.每（一个）反应、每（一对）探针的价格，大概在0.5到3个美元之间，NanoString的Report探针是比较昂贵的，量多的情况下跟qRT-PCR试剂的masterMix成本差不多，如果量少就会比qRT-PCR成本高。

  4，目前临床和NCCN的金标准是FISH检测方法，该方法只和qRT-PCR方法进行过对比，符合度在0.9999，但是并没有和金标准FISH做过对比（仅有药明康德跟FISH做过对比，并且列数不多），所以以临床形式推出报告可能不太适合，只能以科研形式出具报告。

  ·第1，NanoString方法能在一个反应当中，把四种基因的、已知的59种融合基因突变类型都检测到，而FISH，一次反应，只能检测一种基因的融合基因突变。

  ·第3，NanoString方法的自动化程度相当高，相比于FISH方法，它可以节省大量的人工成本。

  2013年9月，美国FDA批准NanoString公司的Prosigna方法。Prosigna是针对乳腺癌进行分型，和预后评估的一种方法。这个方法，分析PAM50基因的表达量，PAM50是PredictionAnalysis of Microarray 50（的缩写）。它是医学界公认的，可以对乳腺癌进行分型，并且进行预后评估的标准。目前，Prosigna方法，已经在北美和欧洲有较多的应用。在近期，该项panel已经被纳入了美国的保险公司投保范围内了，可见NanoString的技术含量以及美国对生物医疗行业的重视程度了！